L’origine du nom viendrait soit de "Motiliniacas" signifiant le domaine de Molito soit de "Mol" signifiant le sable et de "ag" ou "ez" signifiant l’eau, le marais. Molagnies est un village
très ancien. Des hachettes gauloises y furent découvertes. Pendant l’ère du christianisme, on y bâtit plusieurs églises : au hameau de Humermont, à Mennevieux, puis au centre du village
(église actuelle).
Autrefois, la paroisse de Molagnies dépendait du diocèse de Beauvais. Un bailli, un procureur fiscal et un sergent demeuraient au village et y rendaient la justice au nom du chapitre de
Gerberoy.
- L’église du XIIe siècle dédiée à Saint Mennevieu,
- le manoir de Saint Mennevieu qui jouxte l’église,
- le four du manoir (propriété privée, accès interdit).
- Le manoir d’Humermont (propriété privée, accès interdit).